硕士论文查重在实际操作中可能会出现以下问题：由于论文查重系统的算法设计以及参数设置不同，可能会导致不同系统之间的查重结果存在偏差，甚至出现差异较大的情况，从而对学生的论文评估产生误导性影响；一些学生在撰写论文时未能准确引用他人的研究成果，导致引文失误或者未经授权的抄袭行为，这也会使论文在查重过程中被认定为高重复率，进而面临学术不端的指责。

硕士论文查重还可能受到学科领域的特殊性影响，不同学科对于引用、重复率等要求有所不同，因此在进行查重时需要结合具体学科的规范要求进行判断，避免由于学科特殊性带来的查重误判问题。另外，一些学生在进行论文撰写时对于文献的引用和参考资料的整理不够规范和及时，导致最终论文查重时出现漏查或者误查的情况，从而影响了论文的查重结果和评估。在写作过程中，可以留意自己的文献引用格式，保持一致并符合标准要求，避免在查重过程中出现问题。

综上所述，为了避免硕士论文查重过程中出现问题，学生在撰写论文时应该严格遵守学术规范，准确引用文献，确保文献资料的完整性和准确性，及时整理参考资料，并在写作过程中对论文的重复率进行监测和调整，以确保最终的论文查重结果符合学术要求，避免学术不端行为的发生。同时，学生在学习和使用查重系统时也需要对不同查重系统的特点和算法进行适应和了解，以更好地评估论文查重结果的准确性和合理性。